风扇的轴承可谓是散热器的"心脏"。目前，较普遍的是液压(含油)轴承、单滚珠轴承和双滚珠轴承。

    液压的风扇主要是内层含有油,属于滑动摩擦。一旦油消耗完后散热效果极差，转速明显降低，并且有噪音。这种风扇寿命相对短，和它的低价格成正比。不过新一代液压轴承通过自补油技术，使使用寿命有了较大提升，基本上能够达到3万小时以上，已经能够满足多数应用需要。百元以内散热器通常使用这种轴承。

    滚珠轴承一般是用在低载荷机械传动的设备中。因为滚珠轴承的承载面积小，在高速运转的情况下极易出现严重的机械性损伤，所以在重载荷的机械传动中往往采取滚针式轴承以加大承载面，提高机械传递效率，同时降低机械性损伤。 滚珠轴承改变了轴承的摩擦方式，采用滚动摩擦，这一方式更为有效的降低了轴承面之间的摩擦现象，提升了风扇轴承的使用寿命，也因此将散热器的使用寿命延长。缺点是工艺更为复杂，成本提升，同时也带来更高的工作噪音。

    滚珠的风扇是内层有一个/两个滚珠轴承,属于滚动摩擦。这种设计摩擦系数小，转速比较高，因而可以带来更好的散热效果。此外损耗小,寿命更长，常常会有使用寿命达到5万小时之多的产品。当然价格也较高，而且噪音上也不如液压轴承。百元以上散热器通常使用这种轴承。低端产品采用的含油轴承，由多孔性金属材料制造，可吸收并涵养润滑油，减轻磨损。此工艺成本低廉，寿命最高约为3万小时。过了使用寿命之后，随着落尘和油剂的挥发，会令轴承噪音增大，风扇转速减慢。单滚珠轴承由滚珠轴承和含油轴承组成。此技术工艺成熟，难点在于保证两个轴承共轴。风扇寿命普遍在4万小时以上。由于其较好的噪音控制和散热效率，此类轴承一直占据散热器市场的绝对优势。双滚珠轴承更将产品寿命提升至5万小时。并且随着滚珠与轴承的磨合，初用时较大的噪音会逐渐降低，显示出其优秀的散热性能。